Il Convento, costruito su un ripido pendio del colle di San Cristoforo, guardo lo specchio sconfinato del mare che si stende dinanzi e s'infrange negli scogli sottostanti. I grossi muri di sostegno alle poche e strette lingue di terreno qua e là rubate alla roccia, la torre corrosa dal mare e bruciata dal sole, residuo dell'antico castello, gli darebbero un'impronta fantastica, come di una vedetta militare di tempi feudali, se le piccole finestre ed il modesto campanile non rivelassero l'umile sede dei Frati.
L'origine risale ad uno dei più agitati periodi della vita cittadine e precisamente alla pace intervenuta fra due fazioni, tra loro belligeranti, all'inizio del secolo XVII, le quali gettarono il paese in condizioni infelicissime. Per ricordare questa riconciliazione è stato eretto, un epoca recente, un monumento a San Francesco.
Gli inizi del convento risalgono al secolo XVII, quando due frati cappuccini,. a distanza di anni, predicarono la Quaresima a Monterosso. A quell'epoca una profonda discordia regnava tra due fazioni ed il Senato Genovese aveva deliberato di confinare in Corsica i capi delle due parti. Tra di loro s'interpose la parola pacificatrice dei Francescani Cappuccini e la pace ritornò tra le fazioni ed il Senato della Repubblica. Il popolo di Monterosso, come sono riconoscente, deliberò di costruire un Convento per i Cappuccini. La "Comunità" scelse il luogo sul colle S. Cristoforo, dove si trovava la vecchia Pieve di Monterosso dedicata a quel Santo.
I mezzi per il materiale e per i lavori furono donati dai fratelli Squarciafico di Genova, uno dei quali si era fatto cappuccino con il nome di Padre Francesco Maria e fu anche ministro provinciale dei religiosi. I Frati piantarono la Croce nel febbraio del 1618 e l'anno successivo fu posta la prima pietra. Nell'anno 1622 il Convento era abitabile e nel marzo del 1623 Mons. G.B. Salvago, Vescovo di Sarzana, consacrava la Chiesa dedicandola a San Francesco d'Assisi, fondatore dell'ordine dei Frati Minori. I fratelli Squarciafico con atto notarile del 3-4 aprile 1623 acquistarono l'orto, il Convento, la Chiesa e li diedero in uso ai Cappuccini.
La legge napoleonica del 1810 confiscò il Convento ed i Frati furono cacciati con l'obbligo di nulla spostare. Archivio e suppellettili furono messi a soqquadro ed il Convento divenne la sede di una guarnigione. Dopo sei anni d'esilio e di danni, nel 1816 i Frati fecero ritorno.
Ma nel 1866 la legge di confisca fu riesumata dal Primo Regno d'Italia ed i Frati, ancora cacciati con violenza, lasciarono per circa un trentennio Concento e Chiesa in balia degli uomini e delle intemperie.
Nel 1887 il convento fu adibito a lazzaretto per i colerosi. La Chiesa fu usata come deposito di pesce essiccato. Nel 1894 un pio sacerdote monterossino, Don Giuseppe Policardi, già cappellano a San Siro in Genova, con i suoi risparmi riscattò l'orto, Convento e Chiesa, fissando ivi la sua dimora e stabilendo che, alla sua morte, ogni cosa tornasse ad uso dei Frati Cappuccini.
Don Policardi morì il 5 marzo del 1895 e la sua salma, già posta nella tomba di famiglia, ora riposa in questa chiesa ai piedi dell'altare centrale. I Cappuccini rientrarono nel loro Convento di Monterosso nel luglio del 1895.